Управленческая структура с сопоставимыми задачами функционировала ещё в царской России и затем многократно реформировалась и преобразовывалась. Традиционно такая структура отвечала в первую очередь за общее образование в стране, но в некоторые периоды и в разной мере в сферу её ответственности входили также вопросы профессионального образования, высшей школы и науки.
Министерство народного просвещения Российской империи было создано 8 сентября 1802 года (в 1817—1824 гг. в связи с присоединением Главного управления духовных дел иностранных исповеданий называлось Министерством духовных дел и народного просвещения).
В ноябре 1917 года образован Народный комиссариат просвещения РСФСР (Наркомпрос РСФСР), который в марте 1946 года был переименован в Министерство просвещения РСФСР. В 1937—1989 годах в областях существовали областные отделы народного образования (ОблОНО), в районах — районные отделы народного образования (РайОНО), в городах — городские отделы народного образования (ГорОНО).
В 1988 году при объединении Министерства просвещения РСФСР и Государственного комитета РСФСР по профессионально-техническому образованию создали Министерство образования РСФСР (Минобр РСФСР).
Распад СССР, 1990-е
При распаде СССР в 1991 году Минобр РСФСР превратился в Министерство образования Российской Федерации. Оно стало, по факту, правопреемником не только соответствующей инстанции РСФСР, но и общесоюзного органа — Государственного комитета СССР по народному образованию (1988—1991), образованного путём слияния трёх министерств СССР: Министерства высшего и среднего специального образования (Минвуза) СССР, Министерства просвещения СССР и Министерства профессионально-технического образования СССР.
В период до 1996 года Министерство образования Российской Федерации управляло начальным и средним (в том числе средним специальным и профессионально-техническим) образованием в РФ. За высшее и послевузовское образование и науку в этот период отвечали Государственный комитет Российской Федерации по высшему образованию (1993—1996) и Министерство науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации (1991—1993). Последнее было реорганизовано (путём передачи ему вопросов высшей школы от Министерства образования) из формально просуществовавшего две недели в ноябре 1991 года Министерства науки и технической политики РСФСР, созданного на базе Госкомитета РСФСР по делам науки и высшей школы и Госкомитета СССР по науке и технологиям.
В августе 1996 года было решено объединить функции Министерства образования и Госкомитета по высшему образованию в новой структуре — Министерство общего и профессионального образования Российской Федерации (1996—1999), которое, однако, именовалось так лишь до мая 1999 года, затем последовало очередное расформирование и превращение в Министерство образования Российской Федерации.
Минобрнауки России, 2000-е—2010-е годы
Юбилейная монета 10 рублей, 2002 год
При создании первого правительства Фрадкова указом Президента Российской Федерации № 314 от 9 марта 2004 года было образовано Министерство образования и науки Российской Федерации (Минобрнауки России) . К нему перешли функции по принятию нормативных актов упразднённого этим же указом Министерства образования Российской Федерации, а также функции по принятию нормативных актов упраздняемого Министерства промышленности, науки и технологий Российской Федерации (в сфере науки) и реорганизуемого Российского агентства по товарным знакам.
Одновременно функции по правоприменению, управлению и контролю в сферах образования, науки и интеллектуальной собственности были переданы в ведение создаваемых четырёх федеральных служб и агентств, подконтрольных министерству, — Федеральному агентству по образованию, Федеральному агентству по науке, Федеральной службе по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам и Федеральной службе по надзору в сфере образования и науки.
Министром в тот же день был назначен Андрей Александрович Фурсенко, который ещё с ноября 2003 года исполнял обязанности министра промышленности, науки и технологий Российской Федерации.
Дмитрий Ливанов и Дмитрий Медведев, июнь 2012 года
Создание Министерства просвещения Российской Федерации
Министерство просвещения Российской Федерации возглавляет Министр просвещения Российской Федерации, назначаемый на должность Президентом Российской Федерации после утверждения его кандидатуры Государственной Думой Федерального Собрания Российской Федерации по представлению Председателя Правительства Российской Федерации и освобождаемый от должности Президентом Российской Федерации.
Бывшие заместители министра